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分享一个把xyz坐标转换为gzmt用于ORCA输入坐标和做柔性扫描的方法

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发布时间: 2024-10-6 20:12

正文摘要:

用ORCA做柔性扫描时,输入坐标采用笛卡尔坐标时(xyz)时报错停止。 Famalab的一个教程(https://www.molphys.org/orca_tut ... ternal%20cordinates)中提到用ORCA做扫描应该用内坐标或者gzmt,检索了中文网页,把 ...

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yaoshi1206 发表于 Post on 2024-10-7 10:46:39
sobereva 发表于 2024-10-7 02:25
帖子标题里ORCA没拼对

ORCA做柔性扫描并不需要坐标必须写成内坐标的形式,这点和Gaussian是一样的

谢谢社长答疑,学习了,用multiwfn转化确实更简单,之前用的时候没有发现这个zmat2这个功能。 用xyz坐标做柔性扫描报错的可能是坐标本身的问题。
wzkchem5 发表于 Post on 2024-10-7 09:22:58
只有刚性扫描需要用内坐标,柔性扫描不需要。你的链接虽然是用的内坐标,但是并没有说笛卡尔坐标不能用。
如果你的计算用笛卡尔坐标会报错,建议检查输出文件的报错信息,搞不好是无关的原因导致的报错(SCF不收敛,结构优化不收敛,有的键角接近180度,等等)
sobereva 发表于 Post on 2024-10-7 02:25:56
帖子标题里ORCA没拼对

ORCA做柔性扫描并不需要坐标必须写成内坐标的形式,这点和Gaussian是一样的
参考北京科音高级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KAQC_content.html)里ORCA做柔性扫描的例子:


ORCA 6.0.0可以顺利完成。很多网上的ORCA教程都是4.0的,好多东西对于发展迅速的ORCA已经不适用了,我建议不要看了。


xyz转成内坐标用Multiwfn实现太容易了,Multiwfn载入xyz等含有结构信息的文件后,依次输入
gi  //产生Gaussian输入文件
zmat  //用内坐标形式(如果输入zmat2,则每个内坐标都不用变量表示)
Piraeus.gjf  //产生的输入文件名
得到的gjf文件里直接就是内坐标:

%chk=t.chk
#P B3LYP/6-31G*

Generated by Multiwfn

  0  1
C
C     1   B1   
C     1   B2           2   A1   
C     2   B3           1   A2           3   D1
C     4   B4           2   A3           1   D2
C     2   B5           1   A4           3   D3
C     6   B6           2   A5           1   D4

...略
C    44   B59         41   A58         42   D57

B1         1.45305594
B2         1.39050359
B3         1.39050358
B4         1.45305594
B5         1.45305594
B6         1.39050359
B7         1.39050359

...略

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