求助旧版本do_dssp命令无法读取新版本tpr文件

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发布时间: 2024-10-10 15:28

模拟生成轨迹使用的是2023.3版本的Gromacs，安装于Ubuntu20.4版本服务器由于新版的Gromacs不再支持do_dssp命令无法获得二级结构，故按照论坛教程安装了Gromacs2018，于本地CentOS虚拟机在旧版本中可以运行do_dss ...

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student0618 发表于 Post on 2024-10-11 18:16:32

刚找了一下，2024的gmx dssp才可以output xvg。

群山行云 发表于 Post on 2024-10-11 17:44:39

student0618 发表于 2024-10-11 11:18
GROMACS 2023 自带gmx dssp command，不必用老版本do_dssp。
https://manual.gromacs.org/2023.3/onlinehe ...

谢谢指点；之前了解过新版本的dssp命令，发现输出的是dat文件而不是旧版本的xvg文件，而且dat文件有点看不懂；请问这种文件也可以像xvg一样绘制二级结构图吗？

student0618 发表于 Post on 2024-10-11 11:18:16

GROMACS 2023 自带gmx dssp command，不必用老版本do_dssp。
https://manual.gromacs.org/2023.3/onlinehelp/gmx-dssp.html

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