1. lib的残基名和pdb不一致，可用 sed -i s/PEG600/PEG/ PEG600.lib 一行命令修正。
2. lib 有完整分子的拓朴的话，pdb应用同一个残基编号。不然leap会以为每个残基都是个完整分子，好心帮你补一大堆原子上去。
3. 同一残基不应该有重复的原子名。由于你目前的做法视整个分子为同一残基，应当给每个原子独特的原子名。