cp2k跑AIMD后分析配位数，如何进行区分不同的氧原子

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发布时间: 2024-10-12 09:33

我在运行硫酸镁和水分子进行AIMD模拟后，想对镁离子和硫酸根中的氧原子进行对分布函数及配位数分析，但和水分子中氧原子名一致，没有办法进行分析，我在inp文件尝试进行分类，如图1，但正式运行后xyz文件都是氧原子 ...

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Jerry_Fan 发表于 Post on 2025-3-19 19:35:11

本帖最后由 Jerry_Fan 于 2025-3-19 19:57 编辑

应该是可以在初始的结构比如pdb文件中修改name就行。dcd之后附加上去也不会有影响的。如果是xyz格式输出的轨迹，加个关键词就行应该，但是xyz没有盒子信息很不友好。

zmjsce 发表于 Post on 2024-10-13 00:00:23

如果在VMD中进行轨迹后处理，可以参照卢老师之前发布的内容：http://sobereva.com/504

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