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GAFF力场和GROMOS54A7力场计算水密度出现差异的疑问

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zhangfaxue

发布时间: 2024-10-14 17:30

正文摘要:

本帖最后由 zhangfaxue 于 2024-10-17 12:16 编辑模拟体系就是水盒子，建模根据水密度0.997g/cm3设置，水的itp文件根据sobtop获取，然后npt结束后发现水的密度是1.07左右。然后又尝试了GROMOS54A7力场的参数计算 ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-10-20 09:39:51

zhangfaxue 发表于 2024-10-18 08:19
我原本的体系里还有其他分子，我想用GAFF力场，如果水分子用别的力场这样混用没问题吗？

不管溶质是GAFF、OPLS-AA、AMBER、UFF等等还是什么描述，水都一定要用标准的水模型，高度专一性力场绝对比你用通用程序产生的力场更合适的。同时注意和力场兼容性，诸如GAFF或GAFF2和TIP3P、OPC、SPC/E等等水模型联用都没任何问题

Huschein 发表于 Post on 2024-10-19 09:50:41

zhangfaxue 发表于 2024-10-18 08:19
我原本的体系里还有其他分子，我想用GAFF力场，如果水分子用别的力场这样混用没问题吗？

GAFF拟合的时候保证和TIP3P兼容的

zhangfaxue 发表于 Post on 2024-10-18 08:19:39

Huschein 发表于 2024-10-17 19:59
水有自己的力场，为什么要拿GAFF来模拟水？你想要什么性质去找对应的水力场就行了，水力场少说也有几十种

我原本的体系里还有其他分子，我想用GAFF力场，如果水分子用别的力场这样混用没问题吗？

Huschein 发表于 Post on 2024-10-17 19:59:56

水有自己的力场，为什么要拿GAFF来模拟水？你想要什么性质去找对应的水力场就行了，水力场少说也有几十种

zhangfaxue 发表于 Post on 2024-10-17 12:14:23

sobereva 发表于 2024-10-17 10:14
水分子一定要用现成的水模型，诸如SPC/E、OPC（而不要用通用的拓扑文件产生工具创建），常温下计算的密度都 ...

老师，我后续为了查明原因，尝试使用spc模型计算的一个只含有水分子的体系，使用GAFF力场，还是出现同样的问题问题水密度大概1.08左右，以下是我的相关文件，麻烦老师帮我看一下哪里有问题。我也尝试了spce\tip3p结果都不理想.我不知道怎么回复里添加附件，所以在原帖子里修改添加了附件

sobereva 发表于 Post on 2024-10-17 10:14:19

水分子一定要用现成的水模型，诸如SPC/E、OPC（而不要用通用的拓扑文件产生工具创建），常温下计算的密度都会和实际吻合得非常好。显著偏离绝对是计算设置存在硬伤，没有结构文件、mdp没法说

北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里第一个例子就是模拟水盒子，用的SPC/E，结果和实验非常相符。

zhangfaxue 发表于 Post on 2024-10-15 15:15:01

喵星大佬发表于 2024-10-15 00:34
那么你为啥不用tip3p呢

换成tip3p，水密度为1.04左右，好像也不是很理想

喵星大佬 发表于 Post on 2024-10-15 00:34:10

那么你为啥不用tip3p呢

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