飞翔的胖吉 发表于 2024-10-24 09:08
我使用lazy的方法构建单片mxene的itp文件，然后使用教程里面的md_PBC.mdp可以维持刚性模拟。于是我尝试将 ...

没法判断
参考下文从简单到复杂debug
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

飞翔的胖吉 发表于 2024-10-21 07:49
我检查了pdb文件和itp文件的跨盒子信息，我选了1号和2110号原子作为参考，vmd中可以看出1号C和2110号Ti分 ...

前面说了，就让sobtop猜力常数就完了，没必要基于Hessian矩阵算
只要跨盒子的bond、angle项该有的都有，就不可能计算的时候唯独盒子边缘部分结构变形

飞翔的胖吉 发表于 2024-10-20 19:14
好的社长，我检查一下。    您看我描述的这个步骤是正确的吗？心里没底

如果目的仅仅是保持刚性，都没必要做振动分析，直接用sobtop猜的数量级合适的力常数就完了

sobereva 发表于 2024-10-20 15:29
pdb载入Multiwfn时看清楚屏幕上显示的成键关系，弄清楚跨盒子的键识别出来没有。如果没有，说明pdb里晶胞信 ...

好的社长，我检查一下。    您看我描述的这个步骤是正确的吗？心里没底

pdb载入Multiwfn时看清楚屏幕上显示的成键关系，弄清楚跨盒子的键识别出来没有。如果没有，说明pdb里晶胞信息缺失或不正确。如果晶胞信息识别出来了，检查产生的拓扑文件里跨盒子的键的参数确保没问题再模拟

et2ac 发表于 2024-10-18 13:54
我这边用vmd看也正常，但是GaussView看不正常，不知道Sobtop会怎么识别。。
而且Sobtop的输入跟freq.inp ...

教程是用的5X5X1的尺寸。。。但是我的Ti3C2的尺寸要大很多，我没有在multiwfn中扩胞，而是用material sstudio去绘制了一个大尺寸的pdb文件。pdb显示正常，但是转其他格式或者运行em后就不正常了。

飞翔的胖吉 发表于 2024-10-18 13:39
最原始的Ti3C2.pdb文件显示键正常，但是如果用vmd将其转化为mol2格式导出，再打开就发现显示全为点，没有 ...

我这边用vmd看也正常，但是GaussView看不正常，不知道Sobtop会怎么识别。。
而且Sobtop的输入跟freq.inp里的坐标应该一致吧，我看教程例11就是用freq.inp生成的pdb文件

飞翔的胖吉 发表于 2024-10-18 13:36
你好，你说的mol2文件，是指哪一步用mol2?

最原始的Ti3C2.pdb文件显示键正常，但是如果用vmd将其转化为mol2格式导出，再打开就发现显示全为点，没有链接的键

et2ac 发表于 2024-10-18 13:27
用mol2试试？pdb连接关系不一定对

你好，你说的mol2文件，是指哪一步用mol2?

用mol2试试？pdb连接关系不一定对

有高手帮忙看一下吗？您也可以下载文件测试一下