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求助VMD载入轨迹的帧数与模拟时间关系

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群山行云

发布时间: 2024-10-21 10:08

正文摘要:

第一次使用VMD加载xtc轨迹文件，本人运行了5000ps的模拟，但是在VMD中显示的帧数为2501 这说明轨迹文件有问题，还是VMD中的帧数并不对应皮秒？

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群山行云 发表于 Post on 2024-10-21 10:47:43

pal 发表于 2024-10-21 10:40
dt是步长，每步的时长，单位是fs，如果nstxtcout = 1000，就是每1000步在xtc里面写入一次，间隔就是2 fs ...

明白了，谢谢！

pal 发表于 Post on 2024-10-21 10:40:59

群山行云发表于 2024-10-21 10:36
请问是下面这个dt参数吗？截取的是产生轨迹用的mdp文件

define =

dt是步长，每步的时长，单位是fs，如果nstxtcout = 1000，就是每1000步在xtc里面写入一次，间隔就是2 fs * 1000 = 2 ps

群山行云 发表于 Post on 2024-10-21 10:36:00

pal 发表于 2024-10-21 10:20
在mdp文件里面会设置多久在轨迹文件里面保存一次，你设置的可能是2ps保存一次

请问是下面这个dt参数吗？截取的是产生轨迹用的mdp文件

define =
integrator = md
dt       = 0.002
nsteps    = 2500000
comm-grps  = system
energygrps =
refcoord-scaling = com
;
nstxout = 0
nstvout = 0
nstfout = 0
nstlog  = 500
nstenergy = 500
nstxout-compressed = 1000

pal 发表于 Post on 2024-10-21 10:20:53

本帖最后由 pal 于 2024-10-21 10:22 编辑

在mdp文件里面会设置多久在轨迹文件里面保存一次，你设置的可能是2ps保存一次

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