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求助:高斯16的使用关于内存和核数问题

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发布时间: 2024-10-21 10:35

正文摘要:

本帖最后由 lanyangyang 于 2024-10-21 16:05 编辑 各位老师好,最近再算任务的时候发现,发现运行速度变慢了。如下我投了两个任务,并行56核(服务器共有56核),分配了100G的内存,但cpu使用率不高,内存的使用 ...

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abin 发表于 Post on 2024-10-23 13:04:50
lanyangyang 发表于 2024-10-23 10:54
你好,我试着用命令行提交任务时绑定了0-27cpu,发现绑定后cpu占用率下降了一半(仅为12%左右),不绑定 ...

关闭超线程,
使用work load manager 吧

手动控制,你没啥技能的话,可能搞不定的。
lanyangyang 发表于 Post on 2024-10-23 10:54:28
abin 发表于 2024-10-21 16:35
使用work load manager, 比如slurm

要么, 自己在输入文件数CPU核心,

你好,我试着用命令行提交任务时绑定了0-27cpu,发现绑定后cpu占用率下降了一半(仅为12%左右),不绑定时一个任务用28核算,cpu占用率为25%,请问这是什么原因呢。
abin 发表于 Post on 2024-10-21 16:35:56
使用work load manager, 比如slurm

要么, 自己在输入文件数CPU核心,
比如
jobA, %cpu=0-27
jobB, %cpu=28-55

具体查看Gaussian手册.



建议关闭超线程.

你的情况是:
可能开着超线程,
每一个都要56核心, 两个任务跑一个核心上?
使用htop或者btop看一下....

lanyangyang 发表于 Post on 2024-10-21 15:59:12
zjxitcc 发表于 2024-10-21 12:44
除了展示输入文件内容,运行以下三行命令 展示运行结果
cat /proc/cpuinfo |grep "physical id"|sort |uni ...

已经把三行命令的运行结果展示,麻烦您看看
lanyangyang 发表于 Post on 2024-10-21 15:57:22
sobereva 发表于 2024-10-21 11:31
说清楚跑什么体系、关键词贴出来。本来很多任务就根本耗不了什么内存

仔细把此文看了:

sob老师,一个任务算的是几何优化(18个原子的团簇),另外一个算的是超极化率(64个原子),输入文件已附上。
zjxitcc 发表于 Post on 2024-10-21 12:44:36
除了展示输入文件内容,运行以下三行命令 展示运行结果
cat /proc/cpuinfo |grep "physical id"|sort |uniq|wc -l
cat /proc/cpuinfo |grep "processor"|wc -l
cat /proc/cpuinfo |grep "cores"|uniq
这样方便大家检查你是否开启了超线程,以及你做计算使用的核数是否合理。
sobereva 发表于 Post on 2024-10-21 11:31:11
说清楚跑什么体系、关键词贴出来。本来很多任务就根本耗不了什么内存

仔细把此文看了:
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html

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