Graphite 发表于 2024-10-21 23:02
我不理解你在干什么...

谢谢您对我的回复，我对lammps的in文件进行了调试，发现模型应该没有问题，应该是ovito里面自己默认的半径有问题，原子应该没有重叠。还是非常感谢您对我进行解答，我刚刚入门分子模拟，一些做法可能比较抽象，希望您多担待。感谢感谢！

悲观的乐观者 发表于 2024-10-21 21:45
您好，我复制了您的代码，然后将其保存为xyz文件发现结果在我电脑上还是错误的，结果如下图。也可能是我 ...

我不理解你在干什么...

1. 12
   
2. Lattice="5.0503745079 0.0000000000 0.0000000000 2.6733447412 4.2847999446 0.0000000000 2.6733447412 1.4830610784 4.0199552737" Origin="18.6126423665 41.866173119 41.866173119" Properties=I:1:pos:R:3
   
3. B 0.010308000 0.654034000 0.010308000
   
4. B 0.010308000 0.010308000 0.654034000
   
5. B 0.654034000 0.010308000 0.010308000
   
6. B 0.345966000 0.989692000 0.989692000
   
7. B 0.989692000 0.345966000 0.989692000
   
8. B 0.989692000 0.989692000 0.345966000
   
9. B 0.221130000 0.630458000 0.221130000
   
10. B 0.221130000 0.221130000 0.630458000
    
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12. B 0.369542000 0.778870000 0.778870000
    
13. B 0.778870000 0.369542000 0.778870000
    
14. B 0.778870000 0.778870000 0.369542000

复制代码

保存为xyz文件，用ovito打开是正常的。

Graphite 发表于 2024-10-21 17:18
你都有一个完整晶胞数据了，直接replicate扩胞不就行了吗

cif文件用MS转换不成data文件，因为相同的力场里面没有硼原子，然后用从materials project下载的cif下载的晶胞用ovito打开也是重叠

你都有一个完整晶胞数据了，直接replicate扩胞不就行了吗