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使用Multiwfn进行IGM分析以及利用绘制δg_inter等值面图遇到问题

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lmtt

发布时间: 2024-10-22 16:57

正文摘要:

我在使用Multiwfn进行IGM分析以及利用绘制δg_inter等值面图有些疑问，想请教一下几个问题： 1.跑完蛋白配体复合物的动力学模拟后，想对模拟后的复合物进行IGM分析，请问是提取某一帧的结构构象进行IGM分析还是提取 ...

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lmtt 发表于 Post on 2024-10-26 19:50:37

sobereva 发表于 2024-10-23 13:08
1 如果提取一批帧分析，那是我提出并且在Multiwfn里已实现的aIGM（average IGM），而不是IGM。类似于NCI和a ...

好的，谢谢老师！

lmtt 发表于 Post on 2024-10-26 19:50:13

牧生发表于 2024-10-22 21:02
http://sobereva.com/597

挖出需要分析的部分

好的，我试一下，谢谢1

sobereva 发表于 Post on 2024-10-23 13:08:40

1 如果提取一批帧分析，那是我提出并且在Multiwfn里已实现的aIGM（average IGM），而不是IGM。类似于NCI和aNCI的关系，参考下文
一篇最全面介绍各种弱相互作用可视化分析方法的文章已发表！
http://sobereva.com/667（http://bbs.keinsci.com/thread-37629-1-1.html）

2、3 你的蛋白质太大，如2L说的，建议把感兴趣的区域截出来再算。对于IGM分析来说截断的地方不需要加氢饱和
并且恰当使用VMD的选择语句达到尽可能好的效果，参考下文的图
使用Multiwfn做aNCI分析图形化考察动态过程中的蛋白-配体间的相互作用
http://sobereva.com/591（http://bbs.keinsci.com/thread-21826-1-1.html）

选择语句的知识：
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

牧生 发表于 Post on 2024-10-22 21:02:51

http://sobereva.com/597

挖出需要分析的部分

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