没有统一的判别标准如RMSD小于多少，你可以先从他推荐的出发，看一段时间后体系结构是否稳定、能量涨落等是否符合你的需求（涨落至少应该远小于要做的物理化学过程的delta E）。
虽然我很敬重开发新软件的大佬，但是还是建议刚接触MD的话，先用传统软件（比如LAMMPS）、传统势能大概跑通了、心里有数了再迁移过去。