使用gmx hbond -ac计算氢键寿命遇到的问题

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发布时间: 2024-10-29 22:36

本帖最后由 Sunca 于 2024-10-29 22:45 编辑 1.ac.xvg文件中哪一项代表氢键的自相关函数，哪一项代表积分后的氢键平均寿命，也就是gromacs手册里的C(τ)和τHB 2.我模拟的体系有10条多糖链，我要计算所有 ...

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iyy 发表于 Post on 2025-6-4 14:58:24

您好，请问关于hbond_ac.xvg中第一列和第二列二者的区别以及使用哪列数据比较氢键稳定性的问题解决了吗?目前我存在同样的疑惑

sobereva 发表于 Post on 2024-10-30 01:43:22

直接从gmx hbonds输出信息里读HB lifetime就完了，不需要自己积分

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