Ruzhuang 发表于 2024-10-31 10:38
谢谢老师，我可不可以先用clustering先定义出来最有代表性的那一帧，然后再用strip去截取呢？

当然可以

18217265596 发表于 2024-10-31 10:02
你首先要定义：“具有代表性”

谢谢老师，我可不可以先用clustering先定义出来最有代表性的那一帧，然后再用strip去截取呢？

Ruzhuang 发表于 2024-10-30 15:45
用strip命令的话，即使把轨迹文件导入进去，也会出现出来1250个构象，那么如何在这1250个构象里选取最具 ...

你首先要定义：“具有代表性”

student0618 发表于 2024-10-30 00:36
cpptraj 的cluster 是做 clustering analysis 不是截取簇模型，而是找轨迹中有代表性的帧

截取部分的话 ...

用strip命令的话，即使把轨迹文件导入进去，也会出现出来1250个构象，那么如何在这1250个构象里选取最具有代表性的那个呢

student0618 发表于 2024-10-30 00:36
cpptraj 的cluster 是做 clustering analysis 不是截取簇模型，而是找轨迹中有代表性的帧

截取部分的话 ...

那么怎么导入轨迹呢，因为这1250帧每一帧的构象豆不一样

cpptraj 的cluster 是做 clustering analysis 不是截取簇模型，而是找轨迹中有代表性的帧

截取部分的话可用例如

1. strip !(:1-9<:3.0)

复制代码

这句代表删除“不是距离残基1-9 3埃内的残基”(换句话说，即保留残基1-9及其3埃内的残基）。当然要用来作簇模型要再修一下。

更多cpptraj和amber mask的用法可参考Amber手册。