XiaoYan 发表于 2024-11-2 19:51
1.GTP在生理条件下是完全去质子化的，这个有文献“The protonation states of GTP and GppNHp in Ras prote ...

感谢老师回答，确实是质子化的问题，目前已经解决了

student0618 发表于 2024-11-2 02:48
刚刚才看到结构图，GNP加氢如何决定的？还有如4L及5L所说，拓朴是怎么建的？
电荷也要检查，我以前用脚 ...

感谢老师的回答，现在问题已经解决了，是我加氢的时候没有考虑磷酸根的去质子化

1.GTP在生理条件下是完全去质子化的，这个有文献“The protonation states of GTP and GppNHp in Ras proteins”文献专门讨论过。
2.之前我在跑md过程中也遇到类似的问题，Mg2+与两个保留H2O成配位键，但是拓扑文件或者frcmod文件里面配位H2O的参数出现问题，里面出现两个0，修改后就能正常运行。
3.注意检查初始结构，是否有重复成键，

梁Ho1d 发表于 2024-10-31 20:20
老师您好，我的md0.out里面没有报错的东西，轨迹也生成不了，约等于没有跑加热这一步

刚刚才看到结构图，GNP加氢如何决定的？还有如4L及5L所说，拓朴是怎么建的？
电荷也要检查，我以前用脚本做high throughput screening MD rescoring时如果用Antechamber 的 sqm + AM1-BCC处理phosphate很易出问题的。

而且GNP (GMPPNP) 没记错作晶体结构的朋友很常用它做GTP analogue，跟蛋白结合时phosphate的氧是hydrogen acceptor，检查一下加氢是否正确，有没有破坏了hydrogen bonds。

通常我的经验这种问题都是初始结构或者拓扑就有问题

1）应该先把模拟步骤流程讲清楚：是按min1、min2、md0的顺序吗？md0的起始结构是从哪里得来的呢？先检查md0起始结构有没有原子重叠等引起局部力过大的问题；
2）建议加热慢慢升温，不要一下子300K；
3）起始结构没问题、缓慢升温还报错，建议把轨迹输出步长调小，结合out文件与轨迹结构查看受力最大的地方是哪里。（如3L所言）；

student0618 发表于 2024-10-31 20:10
检查一下轨迹和md0.out文件

老师您好，我的md0.out里面没有报错的东西，轨迹也生成不了，约等于没有跑加热这一步

检查一下轨迹和md0.out文件