cokie 发表于 2024-11-7 13:56 好的 谢谢 |
霜晨月 发表于 2024-11-7 11:22 好的 谢谢 |
milk_q 发表于 2024-11-7 10:31 如果你的目的是跑动力学，那么不需要一定做DFT，如8L所讲，可以xTB 跑GFN2-xTB获得构象，很快，而且个人体验比PM7或者PM6-D3H4得到的结果可信度更高一些，之后计算原子电荷。拓扑参数用sobtop按经验生成即可，无需一定做freq。 |
本帖最后由 霜晨月 于 2024-11-7 11:27 编辑 milk_q 发表于 2024-11-7 11:07 1. 直接用分子力场做分子动力学，没必要先用DFT优化。可以用半经验（XTB等）做个opt+freq用来计算原子电荷和创建拓扑参数（如果需要的话）。 2. 你这个含有肽结构，有很多手性中心，但你用ChemDraw画的时候都没有标出手性构型，Chem3D自动生成的立体构型很可能有误。建议在ChemDraw中重画（标明手性构型）。 |
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-11-7 10:53 是聚合物和药物的混合体系，要在水中，后面是用分子动力学模拟它的自组装，主要目的还是几何优化让它的能量降到极小值，目前是chemdraw画的结构，放到chem3D中，然后转换成gjf在Gaussian中优化，SCF一直不收敛，想知道这个体系究竟怎么优化它的结构 |
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本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2024-11-7 10:59 编辑 没看懂计算目的，这个是聚合物中截取的片段吗，在溶液还是固相，构象搜索几何优化之后要做什么？推荐读一读社长博文http://sobereva.com/680，体系真这么大的话该考虑下计算方法（DFT/半经验/分子力场等等）和可用资源（核心/内存/时间等）的问题，以及能否从现在这个孤立体系改成CP2K之类做周期性体系计算。 |
cokie 发表于 2024-11-6 12:34 请问cokie老师，这么大的体系设置构象旋转参数文件是不是很困难很复杂，我这个需要先把chem3D导出来到Gaussian里调整一下键长和二面角，再做构想搜索 |
cokie 发表于 2024-11-6 12:34 好的 谢谢 |
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本帖最后由 wal 于 2024-11-6 13:19 编辑 你这好像连scf都没成功，而不是几何不收敛。这么大体系16核20gb真算的动dft级别几何优化吗，有点怀疑，如果你只是一轮scf就做了四个小时，那你freq得做到啥时候去啊 |
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这种巨柔性的体系，你起码得做构象搜索，之后再用量化得到能量最低的几个构象才有意义。 而且本身这种大体系直接优化就很难收敛，即使你做了构象搜索之后，最好也是从半经验 — 小基组 — 大基组这样一个顺序得到最终结构才会比较稳当。 最后就是这种超级柔性体系你优化的时候肯定得用带色散矫正的泛函，得到的几何结构才有意义。即使要用PBE0，最好也是用PBE0-D3(BJ)而非像你这样直接用PBE0。 |
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