带有非标准残基的多肽模拟报错，向各位老师们请教文件处理细节

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发布时间: 2024-11-6 12:42

老师们好，我在尝试模拟带非标准残基时能量最小化时出现如图报错，怀疑是自己没有正确地手动处理好文件，但自己难以找到出错点，所以在此想请老师们帮忙看看；非标准残基是AIB，amber力场中没有定义，所以我根据论 ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-11-9 22:25:15

mtpeng 发表于 2024-11-9 19:32
好的，谢谢老师。我还有请问的是需要补充的参数是直接加到top里，还是在加到力场文件里发ffbonded.itp里 ...

都行
始终记住gromacs看到的是所有include文件都展开的状态，不管具体是什么文件

mtpeng 发表于 Post on 2024-11-9 19:32:52

sobereva 发表于 2024-11-9 08:20
ERROR 1，参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）这页ppt：

好的，谢谢老师。我还有请问的是需要补充的参数是直接加到top里，还是在加到力场文件里发ffbonded.itp里？

sobereva 发表于 Post on 2024-11-9 08:20:07

ERROR 1，参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）这页ppt：

ERROR 2，格式不对。弄清楚各种字段的各种function type都需要定义什么参数

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