doh88330 发表于 2025-10-30 22:21
您好，看了你的模拟非常受益，但是有个问题请教一下，为什么您选的力场是GAFF，但是在oil.top文件中#includ ...

general AMBER force field (GAFF) 是属于Amber力场的小分子力场。

您好，看了你的模拟非常受益，但是有个问题请教一下，为什么您选的力场是GAFF，但是在oil.top文件中#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"引用了这个力场的itp文件呢？这两个力场的势能运算规则和各项键能、非键能都是一样的吗？

sobereva 发表于 2024-11-8 21:30
产生相改用PR或Berendsen压浴试试。虽然C-rescale原理上好，但毕竟比较新，值得尝试更经典的

好的，谢谢老师

kijsan 发表于 2024-11-7 09:31
老师您好，谢谢老师的回复。已经补充上传了拓扑文件（.top  .itp  .pdb  .gro）。
在对模拟进行调整测试 ...

产生相改用PR或Berendsen压浴试试。虽然C-rescale原理上好，但毕竟比较新，值得尝试更经典的

sobereva 发表于 2024-11-7 06:56
prod.mdp本身没什么问题
没有体系结构文件、拓扑文件，没法做更多的comment

老师您好，谢谢老师的回复。已经补充上传了拓扑文件（.top  .itp  .pdb  .gro）。
在对模拟进行调整测试发现，压力波动剧烈，对应的温度波动也很剧烈。采用NVT系综，温度波动就极小了，基本可以稳定在设定的参考值附近，但这样压力的数值就稳定在一个负值附近了。
从模拟结果上看，NPT系综的盒子尺寸一直在波动，而且计算过程中会出现“pressure scaling more than 1%”的警告。尝试改变tau_t=0.1、tau_p=0.3，结果其压力、温度平均值接近设定参考值，但波动范围仍然较大。
希望老师能指点一下。

prod.mdp本身没什么问题
没有体系结构文件、拓扑文件，没法做更多的comment