关于VMD用显示轨迹中粒子的空间密度分布的方法

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发布时间: 2017-1-20 12:44

Sob老师您好，之前看过您的一篇文章，关于用VMD显示轨迹中粒子的空间密度分布的两种方法。我的体系中有四种物质，用gromacs作了分子动力学模拟之后，用了用等值面显示的方法显示密度分布，用其中三 ...

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sobereva 发表于 Post on 2017-1-21 15:09:56

1 要想得到很光滑的等值面，往往要模拟很长时间，比如几十ns，这样才能采样较充分。如果你的三种物质，其中两种分子数很多，第三种相对较少，那么让第三种的等值面达到平滑所需的模拟时间会远比前两种分子要长。

2 你用这种直接显示多帧的方式考察更省事

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