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使用Shermo、molclus和可视化软件ChimeraX产生的Boltzmann分布不同

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本主题由 sobereva 于 2024-11-9 07:48 分类

赵香兰

发布时间: 2024-11-7 23:13

正文摘要:

本帖最后由赵香兰于 2024-11-7 23:15 编辑老师好，我使用Shermo和molclus对构象进行去重和玻尔兹曼分布计算，再用ChimeraX生成VCD图谱，从ChimeraX得到的玻尔兹曼分布和计算得到的差异特别大，请问这是什么原 ...

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赵香兰 发表于 Post on 2024-11-9 14:35:16

sobereva 发表于 2024-11-9 07:50
我从不用ChimeraX干这个，就算是算构象权重平均的VCD谱也是用Multiwfn绘制，看下文
使用Multiwfn绘制构象 ...

好的，感谢老师

sobereva 发表于 Post on 2024-11-9 07:50:03

我从不用ChimeraX干这个，就算是算构象权重平均的VCD谱也是用Multiwfn绘制，看下文
使用Multiwfn绘制构象权重平均的光谱
http://sobereva.com/383（http://bbs.keinsci.com/thread-6186-1-1.html）

我不知道ChimeraX怎么判断的，我只能告诉你isostat和Shermo给出权重的方式是最严格的（前提是isostat载入的xyz文件里存的是当前温度下的自由能而非电子能量），公式看下文
根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例
http://sobereva.com/165

完全没必要管ChimeraX，我也不予置评

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