MD中在某一帧，蛋白的原子突然跑到其它地方去的问题

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发布时间: 2024-11-8 10:55

本帖最后由 uenh1998 于 2024-11-8 11:17 编辑如题描述的那样，基于已经模拟的轨迹，打算测量离子与蛋白的一个氧原子距离，图里用VDW形式显示。结果发现前一帧（图1）好好的，下一帧突然离子跳到其他位置（图2） ...

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uenh1998 发表于 Post on 2025-1-10 00:54:59

sobereva 发表于 2025-1-10 00:30
那样的图太难看
要么RMSD只分析蛋白部分，要么修正轨迹，让离子运动保持连续（nojump）

感谢社长，计算RMSD的轨迹我已经对蛋白+配体（蛋白+离子）消除了平转动以及周期性。社长的意思是不是只需要单独对离子nojump一下就行了。

sobereva 发表于 Post on 2025-1-10 00:30:01

uenh1998 发表于 2025-1-9 20:12
社长还有一个问题，如果不是盒子的原因，且整个轨迹中只有个别几帧出现这种情况，其他的模拟从生理学等角 ...

那样的图太难看
要么RMSD只分析蛋白部分，要么修正轨迹，让离子运动保持连续（nojump）

uenh1998 发表于 Post on 2024-11-12 11:25:00

sobereva 发表于 2024-11-9 06:44
VMD里把盒子显示出来，一目了然
如果看到就是跨盒子导致的，说明nojump没弄对

嗯我试一试，感谢社长

sobereva 发表于 Post on 2024-11-9 06:44:38

VMD里把盒子显示出来，一目了然
如果看到就是跨盒子导致的，说明nojump没弄对

student0618 发表于 Post on 2024-11-8 12:39:58

先在vmd看看image也就按几下吧，而且这可能trjconv要用-pbc cluster

uenh1998 发表于 Post on 2024-11-8 11:14:42

student0618 发表于 2024-11-8 11:08
看上去是因为周期性边界，vmd representation 的periodic那边开+/- x/y/z看看。

并不是跑到下个周期去了。况且我已经对轨迹去周期性和-pbc nojump了

student0618 发表于 Post on 2024-11-8 11:08:09

看上去是因为周期性边界，vmd representation 的periodic那边开+/- x/y/z看看。

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