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模拟乙二醇粘度时结果波动的求助

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Nemo_ZJU

发布时间: 2024-11-10 13:42

正文摘要:

本帖最后由 Nemo_ZJU 于 2024-11-10 13:43 编辑大家好，我在使用GROMACS进行分子动力学模拟以计算乙二醇的粘度时遇到了一些问题。具体来说，模拟得到的粘度值随着步数的增加并没有收敛到一个稳定值，而是出现了 ...

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dql666 发表于 Post on 2025-2-20 11:41:22

你好，我在centos7上尝试安装Antechamber，但是无法安装，请问是否可以求取乙二醇的力场文件？或进行进一步交流求教？

Nemo_ZJU 发表于 Post on 2024-11-11 09:39:00

sobereva 发表于 2024-11-10 18:32
本来就只有平均值才有意义。不管什么属性，包括总能量、势能、温度、压力等，都必然会有微观波动

constr ...

感谢社长大人指点^_^

sobereva 发表于 Post on 2024-11-10 18:32:03

本来就只有平均值才有意义。不管什么属性，包括总能量、势能、温度、压力等，都必然会有微观波动

constrains = all-bonds是极其糟糕的设置，论坛里我已经批过无数次了。正常情况只应当用constrains = hbonds

另外，建议用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生基于GAFF或GAFF2力场的拓扑文件，结合RESP2(0.5)电荷（下文），这是最理想的
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）

acpype默认产生的原子电荷是AM1-BCC，用于OPLS-AA根本不合适。就算非要用OPLS-AA，也应该用ligpargen产生拓扑文件，并且最好结合Multiwfn算的1.2*CM5电荷：
计算适用于OPLS-AA力场做模拟的1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
http://sobereva.com/585（http://bbs.keinsci.com/thread-21462-1-1.html）
ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
http://sobereva.com/637（http://bbs.keinsci.com/thread-28178-1-1.html）

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