使用gromacs 计算扩散系数，体系相同，时间一样，结果却不同

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发布时间: 2024-11-11 17:58

体系A中有ZIF，其余是锂盐及有机小分子 1.当体系A跑npt 40ns后，取平衡后较为光滑的线计算扩散系数得到-6数量级 2.当体系A跑npt 20ns后，接着用产生的npt.gro接着跑npt 20 ns (mdp内容和第一个npt 的mdp内容完全一 ...

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ddkkxx 发表于 Post on 2025-12-17 10:17:14

EdwardLimit 发表于 2024-11-13 20:18
MSD算扩散系数，分子受限的话，出来的MSD曲线差异也越大。这很正常，多算几次就好了，像我的话一般是算五十 ...

请问如何对MSD进行多次计算呢

EdwardLimit 发表于 Post on 2024-11-13 20:18:57

MSD算扩散系数，分子受限的话，出来的MSD曲线差异也越大。这很正常，多算几次就好了，像我的话一般是算五十次，然后做箱线图。

sobereva 发表于 Post on 2024-11-12 12:53:14

必须观看MSD曲线，确保用于拟合的区间选择的得当，并且对比MSD曲线弄清楚差异的来源
而且续跑应当结合cpt文件，此时续跑才精确

Ajl 发表于 Post on 2024-11-12 09:40:02

本帖最后由 Ajl 于 2024-11-12 09:41 编辑

看看两次的曲线（直接由轨迹生成的，没经任何平滑处理）差别大吗，如果不大的话就是正常的数据计算的误差，看卢老师这篇博文

http://sobereva.com/88

student0618 发表于 Post on 2024-11-12 09:07:40

http://sobereva.com/88

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