cokie 发表于 2024-11-12 18:02
扫描结果如果只是数值对不上，那有可能他扫描的时候带了溶剂没写。
PM7也可以扫，但如果是图中fig4h里这 ...

谢谢，不至于，大概120个原子，PM7试试就行，只要能说明问题就行，文献也没说采用DFT进行扫描，

yzh 发表于 2024-11-12 16:37
非常感谢，做出来的刚性扫描结果和fig4b对不上；应该是柔性扫描。但用B3LYP/6-31Gd扫柔性，应该还是费时 ...

扫描结果如果只是数值对不上，那有可能他扫描的时候带了溶剂没写。
PM7也可以扫，但如果是图中fig4h里这么大的分子，即使用PM7做柔性扫描也够喝一壶。

cokie 发表于 2024-11-12 16:17
扫一整圈，建议刚性扫描，因为这种做“构象锁”的研究，都只是要看做出来的“锁”是不是能把分子“关”在势 ...

非常感谢，做出来的刚性扫描结果和fig4b对不上；应该是柔性扫描。但用B3LYP/6-31Gd扫柔性，应该还是费时间的。
如果想做柔性扫描，可否用PM7方法的结果是否也能说明问题？
谢谢！

扫一整圈，建议刚性扫描，因为这种做“构象锁”的研究，都只是要看做出来的“锁”是不是能把分子“关”在势能面最低点，所以扫的势能面肯定是越“陡峭”越好。
扫单个角还是两个一起扫，对于这种对称分子和他的研究目的，其实没太大区别，顶多就是势能面的“深浅”有所变化，但是变化趋势是相同的。
扫一圈柔性=37个分子的限制性优化，你可以根据你电脑的配置自行判断。