求助统计聚合物间距离小于一定距离的原子数和对应帧数

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发布时间: 2024-11-14 20:18

在VMD中输入source distance.tcl能直接运行试了下计算1.6万个原子和900个原子间的原子数，CPU只能跑10％左右，算一帧要1分钟，不知道能不能优化一下，一次多算几帧。红字部分数字依次对应统计起始帧数、统计截至 ...

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凉才快 发表于 Post on 2024-11-15 20:06:28

sobereva 发表于 2024-11-15 12:38
如果GROMACS的mindist能实现你的目的，尽量用mindist，远比tcl脚本快得多得多

参考北京科音分子动力学与 ...

好的，谢谢sob老师

sobereva 发表于 Post on 2024-11-15 12:38:38

如果GROMACS的mindist能实现你的目的，尽量用mindist，远比tcl脚本快得多得多

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）的ppt：

凉才快 发表于 Post on 2024-11-14 23:17:59

lyj714 发表于 2024-11-14 22:11
考虑用vmd的within选择语法去做，而不是这种暴力遍历，纯纯浪费时间。另外tcl要并行比较难，可能要轨迹分割 ...

好的，谢谢老师

lyj714 发表于 Post on 2024-11-14 22:11:42

考虑用vmd的within选择语法去做，而不是这种暴力遍历，纯纯浪费时间。另外tcl要并行比较难，可能要轨迹分割或者其他，也麻烦。

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