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【教程】计算固液界面的自由能-以水为例

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本主题由 sobereva 于 2024-11-17 02:24 加入精华

Lacrimosa

发布时间: 2024-11-15 23:20

正文摘要:

本帖最后由 Lacrimosa 于 2024-11-26 20:36 编辑 Mold Integration Method 理论部分在固液相平衡条件下, 液体中形成一层固体所产生的自由能变化ΔG = 2γA，其中γ为固液界面自由能，2A为固液界面的面积 ...

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Lacrimosa 发表于 Post on 2024-11-16 22:53:46

本帖最后由 Lacrimosa 于 2024-11-26 12:11 编辑

本文所用到的结构

conf.zip (84.73 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

模拟以及数据分析所用到的脚本

Analyze.ipynb (262.62 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

mold_integration.sh (17.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

脚本使用方法如下：

1. 准备初始结构：需要使用者预先准备好一个conf.pdb文件，并且设置好resname MOLD （具体操作见1楼）

2. 找到熔点下MOLD的平衡位置

#2024/11/25
T_melt=270 #K ，tip4pice水模型的ice Ih熔点
P_melt=1 #bar ，tip4pice水模型的ice Ih熔点
N_site=4 #3 for 3 site model, 4 for 4 site model.
water_model=tip4pice #spce/tip4p/tip4p2005/tip4pice...
N=1792
conf=conf #prepare conf.pdb!!!!
top=topo
Equilibration=yes
Analyze=no
Integration=no
#----Mold Integration-----------
Mold_Integration=yes
# J.Phys.Chem.C2016,120,8068−8075
alpha=0.0017
r_w=0.083 #nm
lambda_well=("0.00001" "0.25" "0.5" "0.75" "1" "1.25" "1.5" "2" "2.5" "3" "3.75" "4.5" "5.5" "6.5" "8") #RT

复制代码

3.构建水-势阱体系-创建列表势-Mold Integration

#2024/11/25
T_melt=270 #K ，tip4pice水模型的ice Ih熔点
P_melt=1 #bar ，tip4pice水模型的ice Ih熔点
N_site=4 #3 for 3 site model, 4 for 4 site model.
water_model=tip4pice #spce/tip4p/tip4p2005/tip4pice...
N=1792
conf=conf #prepare conf.pdb!!!!
top=topo
Equilibration=no
Analyze=no
Integration=yes
#----Mold Integration-----------
Mold_Integration=yes
# J.Phys.Chem.C2016,120,8068−8075
alpha=0.0017
r_w=0.083 #nm
lambda_well=("0.00001" "0.25" "0.5" "0.75" "1" "1.25" "1.5" "2" "2.5" "3" "3.75" "4.5" "5.5" "6.5" "8") #RT

复制代码

4.数据分析

#2024/11/25
T_melt=270 #K ，tip4pice水模型的ice Ih熔点
P_melt=1 #bar ，tip4pice水模型的ice Ih熔点
N_site=4 #3 for 3 site model, 4 for 4 site model.
water_model=tip4pice #spce/tip4p/tip4p2005/tip4pice...
N=1792
conf=conf #prepare conf.pdb!!!!
top=topo
Equilibration=no
Analyze=yes
Integration=no
#----Mold Integration-----------
Mold_Integration=yes
# J.Phys.Chem.C2016,120,8068−8075
alpha=0.0017
r_w=0.083 #nm
lambda_well=("0.00001" "0.25" "0.5" "0.75" "1" "1.25" "1.5" "2" "2.5" "3" "3.75" "4.5" "5.5" "6.5" "8") #RT

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