sobereva 发表于 2024-11-20 04:25
那么多磷酸基，上面的氧、氢的净电荷数量级很大，本身就可能和蛋白形成很强的静电作用（氢键等），没什么 ...

明白了，谢谢老师解惑！

JAM452 发表于 2024-11-19 23:58
谢谢老师，因为优先在处理不含磷的分子，含磷分子的MD数据只有一个，ΔEEL=-145.47，结构如图：

不含 ...

那么多磷酸基，上面的氧、氢的净电荷数量级很大，本身就可能和蛋白形成很强的静电作用（氢键等），没什么必然异常。从相互作用特征上理解结果，还可以结合Multiwfn做IGM图形化分析（http://sobereva.com/407）。另外注意磷酸基的质子化态的选取的合理性

JAM452 发表于 2024-11-18 17:59
谢谢老师，但是MMPBSA算出来的含磷分子的ΔEEL值（比如图片中的-145）与不含磷的分子（-60左右）相比绝对 ...

光凭这些信息没法说，具体分子是什么结构都没展示
实在不放心的话就用量子化学方法算一下你说的两种分子的相互作用能，可以再结合sobEDAw（http://sobereva.com/685）做能量分解，检验当前MMPBSA给出的静电作用是否合理、是否两种分子理应相差那么大

sobereva 发表于 2024-11-18 10:28
[ pairs ]决定的是算哪些分子内的1-4作用，分子间相互作用该怎么算还怎么算

谢谢老师，但是MMPBSA算出来的含磷分子的ΔEEL值（比如图片中的-145）与不含磷的分子（-60左右）相比绝对值特别大，而且在接触的虚拟筛选工作中很少见到含磷分子，这让我很困惑，您有什么建议么？

[ pairs ]决定的是算哪些分子内的1-4作用，分子间相互作用该怎么算还怎么算