Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-11-18 14:35
载入文件、定义盒子之后的那个指令写成pbc wrap -all -compound fragment可以保持分子片段完整，这里fragme ...

谢谢，修改后确实能正常显示了

载入文件、定义盒子之后的那个指令写成pbc wrap -all -compound fragment可以保持分子片段完整，这里fragment可以利用指令mol bondsrecalc top ; mol reanalyze top对top体系当前帧按半径和键长分析得到，至于什么算做一个fragment可以用DynamicBonds显示来观察（水溶液中有时候成氢键的两个或更多水分子可能满足判据会被算做一个fragment），参考社长博文http://sobereva.com/534。