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求助不涉及共价键断裂的过渡态搜寻

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发布时间: 2024-11-18 16:12

正文摘要:

本帖最后由 Kary 于 2024-11-19 09:53 编辑 最近在算这一结构的过渡态,已经尝试过QST2 QST3 的方法但是失败了。初态和末态的最主要区别在于Na原子配位方式的不同。尝试改变了杂环和糖环的二面角,在保持其他的位 ...

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wzkchem5 发表于 Post on 2024-11-19 11:27:48
此外Na的配位数不可能这么低,应当对Na做显式溶剂化
Kary 发表于 Post on 2024-11-19 09:51:16
sobereva 发表于 2024-11-19 08:42
Gaussian明明是量子化学程序,相关问题别发到第一性原理版块,这次给你移动了,以后注意!

好的好的,谢谢老师,第一次发帖子没搞清楚,十分抱歉!
sobereva 发表于 Post on 2024-11-19 08:44:32
图中都没显示原子序号,说6521毫无意义
做柔性扫描试图寻找有意义的结构当过渡态,也可以尝试用ORCA或CP2K做NEB。很可能本身这就不是基元过程,而牵扯中间体,完全不适用QST2/3
sobereva 发表于 Post on 2024-11-19 08:42:09
Gaussian明明是量子化学程序,相关问题别发到第一性原理版块,这次给你移动了,以后注意!

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