含非标准残基蛋白使用pdb2gmx转换结构后，螺旋结构消失，该如何解决？

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发布时间: 2024-11-18 21:53

各位老师好，我现在想模拟共价修饰后的蛋白，参照论坛上各位高手分享的方法，将修饰的部分构建为非标准残基，成功实现了动力学模拟，但在分析时发现，使用pdb2gmx命令产生的gro文件与初始pdb文件在VMD显示中发生变化 ...

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mtpeng 发表于 Post on 2024-11-19 08:31:21

CPK显示是重合，只是gro文件比pdb多了氢而已

student0618 发表于 Post on 2024-11-18 22:29:48

不用cartoon改显示全原子就可看到是否一致了。

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