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某几个二面角随模拟时间的变化如何计算

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Sunca

发布时间: 2024-11-19 15:47

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本帖最后由 Sunca 于 2024-11-19 15:47 编辑我想计算某几个二面角随模拟时间的变化，用什么命令计算？二面角的索引文件怎么写？

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sobereva 发表于 Post on 2024-11-21 04:56:51

Sunca 发表于 2024-11-20 19:29
好的，谢谢sob老师.
我计算了两个二面角随时间的变化，想要以这两个数据为xy轴作自由能景观图，但是做出 ...

减小统计间隔，图像自然就细腻了

可以结合sigamplot绘制，如下文一样
浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtdp+sigmaplot做自由能面图的方法
http://sobereva.com/73

sobereva 发表于 Post on 2024-11-20 05:19:14

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）的ppt：

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student0618 发表于 Post on 2024-11-19 20:21:29

本帖最后由 student0618 于 2024-11-19 20:30 编辑

个人比较喜欢用VMD算这个。VMD load好轨迹后快捷键4点四个原子，graphics-labels的视窗选dihedral，graph栏按graph。还可以很方便地作个二面角变化的动画。

GMX 可看看
https://manual.gromacs.org/current/onlinehelp/gmx-angle.html

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