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使用gmx grompp进行nvt预平衡的时候出现报错

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MediaX

发布时间: 2024-11-19 17:42

正文摘要:

它说我top文件里第307行没有使用nvt.mdp文件里定义的带-D前缀的POSRES宏，首先top文件第307行是SOL（水），其次mdp文件里的是define =-DPOSRES，我没有明白这个错误出在哪里，这种情况怎样解决，拜请诸位老师前辈解 ...

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MediaX 发表于 Post on 3 day ago

sobereva 发表于 2024-11-20 05:22
分清楚warning和error
你当前用了-DPOSRES，所以grompp预处理拓扑文件的时候试图找#ifdef POSRES或#ifndef ...

谢谢大佬，我现在分得清了，也明白了，感谢

MediaX 发表于 Post on 3 day ago

student0618 发表于 2024-11-19 20:40
是否要用position restraint? 是的话要例如在topol.top或相应itp的适当位置放
#ifdef POSRES
#include "p ...

谢谢您，我的解决方式是在配体itp文件中加入了#ifdef POSRES信息，完成了nvt平衡，目前在运行md，等运行完成结果。

sobereva 发表于 Post on 3 day ago

分清楚warning和error
你当前用了-DPOSRES，所以grompp预处理拓扑文件的时候试图找#ifdef POSRES或#ifndef POSRES这样牵扯到POSRES的预处理信息，然而你当前的拓扑文件里又没有，所以你当前写-DPOSRES毫无意义，于是grompp给你个警告

student0618 发表于 Post on 4 day ago

本帖最后由 student0618 于 2024-11-19 20:43 编辑

是否要用position restraint? 是的话要例如在topol.top或相应itp的适当位置放
#ifdef POSRES
#include "posre.itp"
#endif
上例适用于Position restraint在posre.itp中定义的情况。

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