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求助：Gaussian算sobEDA报错识别不了赝势Unrecognized atomic symbolH-Komponente

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本主题由 sobereva 于 2024-11-20 05:22 分类

Wenlin

发布时间: 2024-11-19 18:02

正文摘要:

计算sobEDA的时引入了赝势及相应赝势基组，但是报错识别不了赝势信息：Unrecognized atomic symbolH-Komponente，麻烦大家看一下以下是输入文件和输出文件

回复 Reply

Wenlin 发表于 Post on 2024-11-20 11:45:23

sobereva 发表于 2024-11-20 11:37
Gaussian里的DFT-D3没法用于94号以后的元素
PCCP, 26, 21379 (2024)将DFT-D3扩展到了能支持全部锕系，PCCP ...

好的谢谢老师，已经照您的改了，问题解决了

Wenlin 发表于 Post on 2024-11-20 11:44:29

wzkchem5 发表于 2024-11-20 10:28
这个报错是因为你用的元素不支持DFT-D。报错信息说得很清楚了，R6DRCv: No RCov radius available for IA ...

明白了谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2024-11-20 11:37:18

Gaussian里的DFT-D3没法用于94号以后的元素
PCCP, 26, 21379 (2024)将DFT-D3扩展到了能支持全部锕系，PCCP, 26, 21379 (2024)将DFT-D4扩展到了能支持全部锕系以及Fr和Ra。因此sobEDA过程可以先不带D3校正，自己手动用Grimme单独的dftd4程序算色散校正部分。如果色散校正对于当前问题影响不大，那么可以干脆忽略色散校正。

wzkchem5 发表于 Post on 2024-11-20 10:29:17

Wenlin 发表于 2024-11-20 01:05
老师，我这是从stuttgart官网拷来的

不同程序的赝势格式不一样，必须确定是高斯格式的赝势，才能用于高斯输入文件

wzkchem5 发表于 Post on 2024-11-20 10:28:26

Wenlin 发表于 2024-11-20 01:10
老师，我一开始就是赝势基组都输入的SDD，但是报错了，下面是报错的输出文件

92 1

这个报错是因为你用的元素不支持DFT-D。报错信息说得很清楚了，R6DRCv: No RCov radius available for IA= 95，只要知道色散的Lennard-Jones势涉及1/R^6的数学形式，不难猜出来R6是什么意思，再知道covalent常常缩写成cov，就知道这个报错信息是什么意思了。
解决方法是改用不需要色散校正的泛函，如wB97M-V

Wenlin 发表于 Post on 2024-11-20 08:10:17

本帖最后由 Wenlin 于 2024-11-20 08:16 编辑

sobereva 发表于 2024-11-20 05:23
Gaussian又不是没自带Am的SDD赝势定义，直接写
Am
SDD

老师，我一开始就是赝势基组都输入的SDD，但是报错了，下面是报错的输出文件

92       1
                                 No pseudopotential on this center.
93       95
                                 No pseudopotential on this center.
94       8
                                 No pseudopotential on this center.
95       8
                                 No pseudopotential on this center.
======================================================================================================
Ernie: Thresh=  0.10000D-02 Tol=  0.10000D-05 Strict=F.
  1377 basis functions,  2427 primitive gaussians,  1470 cartesian basis functions
190 alpha electrons    190 beta electrons
   nuclear repulsion energy    6295.8633938094 Hartrees.
IExCor=  402 DFT=T Ex+Corr=B3LYP ExCW=0 ScaHFX=  0.200000
ScaDFX=  0.800000  0.720000  1.000000  0.810000 ScalE2=  1.000000  1.000000
IRadAn=    5 IRanWt=    -1 IRanGd=          0 ICorTp=0 IEmpDi=141
NAtoms= 95 NActive= 95 NUniq= 95 SFac= 1.00D+00 NAtFMM= 60 NAOKFM=T Big=T
Integral buffers will be 131072 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned off.
R6DRCv: No RCov radius available for IA= 95
Error termination via Lnk1e in /home/data/lip/software/g16/l301.exe at Tue Nov 19 19:08:24 2024.
Job cpu time:    0 days  0 hours  0 minutes  2.8 seconds.
Elapsed time:    0 days  0 hours  0 minutes  0.2 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    6 Int=    0 D2E=    0 Chk=    1 Scr=    1
Error: segmentation violation
rax 0000000000000000, rbx ffffffffffffffff, rcx 0000153af4d0f76b
rdx 0000000000000000, rsp 00007ffea14300c8, rbp 00007ffea1430640
rsi 000000000000000b, rdi 000000000003b7dd, r8  00001539f4bbb000
r9  0000000000000401, r10 0000153af4cf8ee8, r11 0000000000000202
r12 00007ffea1430688, r13 0000000000000000, r14 0000000000000000
r15 00000000000003e6
  /lib64/libc.so.6(+0x54d90) [0x153af4d3ad90]
  /lib64/libc.so.6(kill+0xb) [0x153af4d0f76b]
  /home/data/lip/software/g16/l301.exe() [0x63c685]
  /home/data/lip/software/g16/l301.exe() [0x65f71a]
  /home/data/lip/software/g16/l301.exe() [0x6e390b]
  /home/data/lip/software/g16/l301.exe() [0x97e247]
  /home/data/lip/software/g16/l301.exe() [0x97d5d0]
  /home/data/lip/software/g16/l301.exe() [0x97c509]
  /home/data/lip/software/g16/l301.exe() [0x7609ce]
  /home/data/lip/software/g16/l301.exe() [0x4178aa]
  /home/data/lip/software/g16/l301.exe() [0x4110db]
  /home/data/lip/software/g16/l301.exe() [0x410fe4]
  /lib64/libc.so.6(+0x3feb0) [0x153af4d25eb0]
  /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0x80) [0x153af4d25f60]
  /home/data/lip/software/g16/l301.exe() [0x40b729]

Wenlin 发表于 Post on 2024-11-20 08:05:28

wzkchem5 发表于 2024-11-19 19:51
你这个赝势是从哪里获取的？确定符合高斯的输入格式吗？
按理说赝势文件里不应该有德语（Komponente）。。 ...

老师，我这是从stuttgart官网拷来的

sobereva 发表于 Post on 2024-11-20 05:23:45

Gaussian又不是没自带Am的SDD赝势定义，直接写
Am
SDD
不就完了，直接就对应MWB60的SDD赝势，干嘛拷定义给自己找麻烦

wzkchem5 发表于 Post on 2024-11-19 19:51:29

你这个赝势是从哪里获取的？确定符合高斯的输入格式吗？
按理说赝势文件里不应该有德语（Komponente）。。。

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