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gromacs分离CO2/N2, 遇到了CO2分子聚集的现象

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发布时间: 2024-11-19 20:41

正文摘要:

原因是数据复现不了。之前在gromacs-5.12跑的数据可以正常跨膜传输。但是由于系统中了病毒。重新编译了gromacs-5.12。 现在一样的参数,mdp,一样的模型但是出现了分子聚集的现象。尝试更换了压力耦合器。但是 ...

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 3 day ago
当前那么大真空区,明显不该用DispCorr        = EnerPres
当前没理由用控压,你的mdp里也没控压,用控压的时候不要结合freeze,而应当用位置限制
热浴建议用V-rescale
-DPOSRES意义不明

解决以上问题后,如果还有问题,尝试基于以前跑的模拟的最终结构当初始结构,看看情况什么样
Seyilaxa 发表于 Post on 3 day ago
施加恒定加速度后不要使用控温,然后把气体建模适当靠近COF试试

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