GOMACS-VMD绘制空间分布函数SDF求助

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发布时间: 2025-1-6 21:06

本帖最后由呀芽芽于 2025-1-7 17:16 编辑各位老师好，我的体系是表面活性剂在油水界面上(见下图)，md模拟了20ns。我想计算表面活性剂头基S原子附近水分子的SDF。我试了两种方案，一种是以所有表面活性剂分子 ...

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xliu97 发表于 Post on 2025-6-2 15:49:06

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-1-10 10:39
其实这帖的问题和http://bbs.keinsci.com/thread-38000-1-1.html基本一致，如果提问前搜索一下的话也免得重 ...

您好，请问vmd导入cube数据进行drawing method设置的时候，RANGE的数据是负值是什么原因？

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 Post on 2025-1-10 10:39:16

其实这帖的问题和http://bbs.keinsci.com/thread-38000-1-1.html基本一致，如果提问前搜索一下的话也免得重复发帖了……另外标题GROMACS漏了R

sobereva 发表于 Post on 2025-1-8 03:17:26

呀芽芽发表于 2025-1-7 17:13
老师，我按您说的进行了Sdf提取。但是按照教程的lsovalue设定为0.02的话，得到的图就是一个大圆球。然后 ...

采样帧数不够
北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）里专门说了这个问题：

呀芽芽 发表于 Post on 2025-1-7 17:13:03

sobereva 发表于 2025-1-7 02:11
只能对一个（而非全部或一侧的）表面活性剂分子消除平动转动，计算水在它附近的sdf才能得到你贴的文献里的 ...

老师，我按您说的进行了Sdf提取。但是按照教程的lsovalue设定为0.02的话，得到的图就是一个大圆球。然后把lsovalue设置成18得到的图勉强和文献差不多，但是周围有很多零散的水分子，而且感觉不完整。老师，我把后来得到的图放在这个贴子里，您看一下哪里出问题了。

sobereva 发表于 Post on 2025-1-7 02:11:31

只能对一个（而非全部或一侧的）表面活性剂分子消除平动转动，计算水在它附近的sdf才能得到你贴的文献里的图

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