ZIF材料的NAMD力场如何生成呢？

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发布时间: 2024-11-26 17:36

请教一下各位老师，我看到sob老师博文中有提到用sobtop生成MOF的力场文件，但sobtop得到结果都是gromacs格式的。看到参考文献中有介绍到ZIF-8材料的力场参数，但其他ZIF材料的力场很少找到了。要得到ZIF材料NAMD的 ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-11-28 17:12:29

abing 发表于 2024-11-28 15:18
谢谢sob老师回答。因为我目前没有gromacs模拟基础，仅采用NAMD进行模拟。我尝试使用parmED进行力场转换， ...

GROMACS很容易学：北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）

sobereva 发表于 Post on 2024-11-27 15:17:11

用parmED把sobtop产生的拓扑文件转成NAMD的，要么就用GROMACS。本来GROMACS效率就比NAMD更高、用户多一个数量级，没什么理由非得用NAMD

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