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COF分子动力学模拟模型构建的疑问

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yolo-blossom

发布时间: 2024-11-27 14:36

正文摘要:

老师们好我目前想利用GROMACS模拟一个COF结构和一个蛋白，我从COF的数据库获得了这个COF结构的单体，如下图一。然后也利用了PACMAN生成了单体每一个原子的原子电荷、利用sobtop生成了COF的力场参数、利用Multiwfn将 ...

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1601452201 发表于 Post on 2025-9-11 21:47:55

yolo-blossom 发表于 2024-11-28 16:08
卢老师，我现在是像您说的那样尝试现在真空下进行模拟，我当前的操作流程是这样的：
首先通过Multiwfn读 ...

最近在建模过程中也遇到了类似的问题，出现这种问题主要是某些原子之间建立了很长的化学键，即建模不合理，建议在正式计算之前好好检查下建模文件。

yolo-blossom 发表于 Post on 2024-11-28 14:58:28

slxc920113 发表于 2024-11-28 13:03
你需要先把晶胞转成正交的

OK 谢谢我再试试

yolo-blossom 发表于 Post on 2024-11-28 14:58:10

sobereva 发表于 2024-11-28 11:47
先确保真空下能正常计算
并且确保坐标文件和拓扑文件的对应关系

好的卢老师谢谢

slxc920113 发表于 Post on 2024-11-28 13:03:08

你需要先把晶胞转成正交的

sobereva 发表于 Post on 2024-11-28 11:47:20

yolo-blossom 发表于 2024-11-27 20:52
卢老师，我目前已经通过Multiwfn成功的对COF的cif文件进行了扩胞操作，得到了输入的pdb文件
接[/backcol ...

先确保真空下能正常计算
并且确保坐标文件和拓扑文件的对应关系

slxc920113 发表于 Post on 2024-11-27 16:24:00

用AuToFF的MOF/COF模块

yolo-blossom 发表于 Post on 2024-11-27 16:14:50

sobereva 发表于 2024-11-27 15:52
用Multiwfn载入cif，用下文提到的功能扩胞，导出gro文件就完了。也可以用gview、VESTA等程序扩胞，然后再用 ...

非常感谢卢老师我明白如何操作了

sobereva 发表于 Post on 2024-11-27 15:52:25

用Multiwfn载入cif，用下文提到的功能扩胞，导出gro文件就完了。也可以用gview、VESTA等程序扩胞，然后再用Multiwfn转换格式成gro
Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html）

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