计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register

求助:优化后的小分子能量最小化提示受力过大的问题

查看数: 630 | 评论数: 2 | 收藏 Add to favorites 0
关灯 | 提示:支持键盘翻页<-左 右->
    组图打开中,请稍候......
发布时间: 2024-11-28 17:11

正文摘要:

各位老师好,目的是要在水中模拟离子液体。首先使用Gaussian16优化PF6-分子,基组选择的是社长在《RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算》中推荐的基组,电荷使用resp2.0,拓扑参考sobtop例1生成,但在gromacs ...

回复 Reply

MGRACE 发表于 Post on 2024-11-28 21:13:09
sobereva 发表于 2024-11-28 17:23
要么RESP2、要么RESP2(0.5),没有RESP 2.0

http://sobereva.com/soft/Sobtop里专门加入了以下文字:

好的,谢谢社长,尝试m2Seminario生成力常数之后可以正常模拟
sobereva 发表于 Post on 2024-11-28 17:23:07
要么RESP2、要么RESP2(0.5),没有RESP 2.0

http://sobereva.com/soft/Sobtop里专门加入了以下文字:

注意:如果基于上面的DRIH方法产生拓扑文件进行模拟遇到报错,可以尝试后面提到的mSeminario或m2Seminario方法产生力常数,或者干脆让Sobtop自动猜谐振势形式的力场参数而不基于Hessian计算(即让你选择如何生成力场参数时,选择4 Same as option 3, but missing ones are arbitrarily guessed。反正对于这种刚性体系,力常数不重要,只要大小足够维持住体系的刚性就够了)。

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-22 04:18 , Processed in 0.167310 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list