求助在柔性扫描寻找过渡态的初猜结构过程中无法收敛的问题

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发布时间: 2024-11-30 18:18

各位老师好，我在找油酸双键被质子化的过渡态，质子以H3O+形式存在（实际反应中是使用质量分数为70%的高氯酸）因此我认为结构优化时还是得考虑溶剂化效应，那接下来我可以采取什么方案来解决这个不收敛问题， ...

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wzkchem5 发表于 Post on 2024-12-1 14:26:26

pxc12310 发表于 2024-12-1 04:34
感谢老师的建议，根据您的建议我已经通过opt=gdiis b3lyp/6-311g** scrf=(iefpcm,solvent=water) em=gd3b ...

仔细阅读http://sobereva.com/414，了解为什么选哪个结构都是一样的

pxc12310 发表于 Post on 2024-12-1 11:43:36

sai77 发表于 2024-11-30 22:56
输入文件格式不对啊，你扫描步长是12步，输出文件跑了81步，明显变成了结构优化。把原子连接信息删掉。
另 ...

感谢老师建议，我本来是想做刚性扫描的，但是发现优化那一步都一直没法收敛，因为柔性扫描不是每一步都要进行一次结构优化嘛，所以我才索性后面先做结构优化了，现在我先按照老师wzkchem5的建议弄弄。您说的从双键所在平面的垂直方向进攻，是指双键的几何中心还是其中一个双键碳呢

sai77 发表于 Post on 2024-11-30 22:56:17

本帖最后由 sai77 于 2024-11-30 22:58 编辑

输入文件格式不对啊，你扫描步长是12步，输出文件跑了81步，明显变成了结构优化。把原子连接信息删掉。
另外水合质子摆的初始位置也不对，应该从双键所在平面的垂直方向去进攻。

wzkchem5 发表于 Post on 2024-11-30 18:27:48

PM7不可靠，不如把油酸分子截断成反式2-丁烯，用DFT找过渡态，再根据收敛的过渡态键长在完整的油酸分子上面摆过渡态结构

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