求助分子动力学模拟力场设置问题

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发布时间: 2024-12-4 16:20

各位老师好，我在进行SiTrzCz2（分子结构见下图）这个分子的MD模拟，使用Sobtop产生了GAFF力场的itp文件，其中键长键角都使用mSeminario方法，二面角项使用了Sobtop的预置参数。随后我跑了单分子的MD模拟验证一 ...

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Yaocy 发表于 Post on 2024-12-4 22:27:45

sobereva 发表于 2024-12-4 20:53
动力学过程中由于热运动而出现平面的弯折是很正常的事。可以做个能量极小化看弯折是否会消失，是的话更证明 ...

好的，谢谢sob老师

sobereva 发表于 Post on 2024-12-4 20:53:19

动力学过程中由于热运动而出现平面的弯折是很正常的事。可以做个能量极小化看弯折是否会消失，是的话更证明没问题

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