“第25届北京科音初级量子化学培训班” 将于6月11至14日于北京举办,是初学者真正从头一次性完整、系统性学习量子化学计算,从而能很快上手量子化学研究的重要机会,比起自己摸索、鼓捣能少走无数弯路。报名正在进行中,请点击此链接查看,欢迎参加!

计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register

添加水分子的时候,水的位置不对怎么回事呢?

查看数: 732 | 评论数: 2 | 收藏 Add to favorites 0
关灯 | 提示:支持键盘翻页<-左 右->
    组图打开中,请稍候......
发布时间: 2024-12-5 11:15

正文摘要:

定义盒子利用这个命令: gmx_mpi editconf -f 8fd9.gro -o 8fd9_box.gro -c -d 1.0 -bt cubic 得到的cell也是正常的;然后用以下命令: gmx solvate -cp 8fd9.gro -cs spc216.gro -o 8fd9_solv.gro -p topol.top ...

回复 Reply

pkuchemistry 发表于 Post on 2024-12-5 11:32:09
春天花会开 发表于 2024-12-5 11:18
solvate 输入文件搞错了

谢谢,看到了。
春天花会开 发表于 Post on 2024-12-5 11:18:29
solvate 输入文件搞错了

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
pkuchemistry + 1 谢谢

查看全部评分 View all ratings

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-6-2 03:54 , Processed in 0.182534 second(s), 26 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list