计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register

sobEDA做能量分解分析出现错误

查看数: 1196 | 评论数: 6 | 收藏 Add to favorites 0
关灯 | 提示:支持键盘翻页<-左 右->
    组图打开中,请稍候......
发布时间: 2024-12-6 16:13

正文摘要:

本帖最后由 jiangyan 于 2024-12-6 16:16 编辑 老师,您好!我使用了sobEDA的程序计算分子间的相互作用,已经把例子跑过一遍,能重复出来,我的Multiwfn的版本是Version 3.8(dev), release date: 2023-Dec-8,但 ...

回复 Reply

deltazheng 发表于 Post on 2024-12-14 07:43:35
sobereva 发表于 2024-12-14 02:04
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379(http://bbs.keinsci. ...

感谢sob老师,问题已解决~
sobereva 发表于 Post on 2024-12-14 02:04:58
deltazheng 发表于 2024-12-13 17:02
sob老师 我遇到了楼主同样的问题,应该是因为内存不够导致unfchk命令无法完成(Out-of-memory error in r ...

详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html

里面明确说了GAUSS_MEMDEF环境变量的事
deltazheng 发表于 Post on 2024-12-13 17:02:36
sobereva 发表于 2024-12-6 23:33
内存不够,或者软件环境兼容性问题之类。纯粹是Gaussian层面的问题,跟Multiwfn和sobEDA无关

sob老师 我遇到了楼主同样的问题,应该是因为内存不够导致unfchk命令无法完成(Out-of-memory error in routine UFChk)。我看到sobEDA.sh脚本中相关代码应该是这两行

echo "Running: unfchk promol.fch promol.chk"
unfchk promol.fch promol.chk > /dev/null

我的问题是如何修改脚本使得unfchk运行时能调佣更大的内存呢?我在Gaussian的Default.Route文件中已经设置了 -P- 48;-M- 300GB。但是这些默认设置似乎对unfchk命令没有效果。另外,我查到可以用如下方式在命令行使用g16时设置核数和内存:

$ g16 -p="48" -m="300GB" XXX.gjf XXX.out

但是用这种方法使用unfchk

$ unfchk -p="48" -m="300GB" XXX.fch XXX.chk

却马上报错说 Unrecognized switch "-p=48"

请问sob老师应该怎样修改sobEDA.sh文件避免unfchk内存不足的问题?谢谢!
sobereva 发表于 Post on 2024-12-7 17:10:51
jiangyan 发表于 2024-12-7 16:56
老师您好,这应该是运行环境的问题,我能够跑到promol.out正常结束,我想再promol.out的基础上再进行续跑, ...

自己改脚本
jiangyan 发表于 Post on 2024-12-7 16:56:59
老师您好,这应该是运行环境的问题,我能够跑到promol.out正常结束,我想再promol.out的基础上再进行续跑,请问我应该如何操作呢
sobereva 发表于 Post on 2024-12-6 23:33:56
内存不够,或者软件环境兼容性问题之类。纯粹是Gaussian层面的问题,跟Multiwfn和sobEDA无关

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-18 08:37 , Processed in 0.192656 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list