使用CGenFF生成的Gromacs格式文件如何在topol.top中引用？

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发布时间: 2024-12-7 03:18

本帖最后由 chain 于 2024-12-7 03:20 编辑 Gromacs的蛋白质-配体复合物教程中生成配体JZ4分子拓扑文件的方式是使用cgenff_charmm2gmx.py脚本（我这里使用的是cgenff_charmm2gmx_py2.py）。但我是利用CGenFF自带 ...

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chain 发表于 Post on 2024-12-7 17:46:47

student0618 发表于 2024-12-7 12:19
cgenff給的是完整的力場包。最簡單的用法是处理蛋白pdb2gmx選他給的charmm36.ff 包，然后jz4的top删去defau ...

感谢！！

student0618 发表于 Post on 2024-12-7 12:19:18

cgenff給的是完整的力場包。最簡單的用法是处理蛋白pdb2gmx選他給的charmm36.ff 包，然后jz4的top删去defaults molecules 等再include到蛋白生成的topol.top，topol.top [ molecules ]再补回jz4的数目。

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