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求助，模拟二氧化硅吸附甲烷气体报错，单独二氧化硅可以跑，整体跑不了

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hyq12

发布时间: 2024-12-8 17:54

正文摘要:

求助用GROMACS模拟二氧化硅吸附甲烷气体，跑完能量最小化之后，跑动力学模拟报错如下，periodic-molecules = yes开启了，单独二氧化硅试过了可以跑，但是整体没法跑，请问这是哪里出错了呢？甲烷用的amber力场， ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-12-9 03:46:08

这种事，加的分子数由少到多反复测试
一次加一堆自然不方便排查原因

牧生 发表于 Post on 2024-12-8 18:44:30

本帖最后由牧生于 2024-12-8 18:45 编辑

原则上，sobtop自带的SiO2是指晶体内部的各个原子参数。而你这个模拟，应该将其中一个面用羟基饱和，然后再在这个被饱和的表面放置气体分子。被饱和的羟基表面，需要加入相应的O和H的类型以及参数。

http://bbs.keinsci.com/thread-31431-1-1.html

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