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能量最小化提示系统是带净电荷的，但我输入过中和电荷的命令，我该如何解决呢

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Willow0114

发布时间: 2024-12-9 20:52

正文摘要:

给位老师，我在能量最小化之前的最后一步就是通过“gmx genion -s ions.tpr -o box_water.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -neutral”来中和系统的电荷，但是在输入“gmx grompp -f em.mdp -c box_water.gro - ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-12-11 02:16:49

Willow0114 发表于 2024-12-10 08:51
sob老师，第一条和第三条中接近于0和偏离整数明显的数有大概的范围吗，比如说0.00X或者0.0X都可以认为是 ...

可以这么说

Willow0114 发表于 Post on 2024-12-10 08:51:46

sobereva 发表于 2024-12-10 08:44
看北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）这页ppt：

sob老师，第一条和第三条中接近于0和偏离整数明显的数有大概的范围吗，比如说0.00X或者0.0X都可以认为是接近于0，0.X就认为是偏离整数明显的数

sobereva 发表于 Post on 2024-12-10 08:44:43

看北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）这页ppt：

Seyilaxa 发表于 Post on 2024-12-10 00:01:24

看提示的净电荷数，是不是有小数电荷

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