sobereva 发表于 2024-12-17 02:57
1 你用人家的力场当然需要一致。但是改结构文件没意义，只有拓扑文件里的平衡距离才实际影响MD结果

2  ...

好的，谢谢社长指点！

Chemlotus 发表于 2024-12-16 12:24
社长，我最后选择了M2中的力场参数描述OH-,并按照您说的将q[e]、σ[nm]和ε[kJ/mol]修改为M2力场参数的对 ...

1 你用人家的力场当然需要一致。但是改结构文件没意义，只有拓扑文件里的平衡距离才实际影响MD结果

2 我不清楚，需要再仔细看文章或者其引用的其它文章。可能作者用的是可极化力场，未必gromacs能支持

sobereva 发表于 2024-12-10 08:29
1 既然计算OH-在溶剂模型下的情况时加了弥散函数，显然气相下计算它时也得加

2 合理

社长，我最后选择了M2中的力场参数描述OH-,并按照您说的将q[e]、σ[nm]和ε[kJ/mol]修改为M2力场参数的对应值。然后我注意到文献中的这样一句话：We developed and tested four different force fields for OH−. All models had the same geometry with the O−H distance of 1 Å and polarizability of 2.1 Å3 placed at the oxygen atom.因此学生还有些疑问想请教下您：
①模拟中使用的OH-模型的O−H键长需要和文献中（1 Å）一致吗？我自己优化的结果是0.96954 Å，如果需要调整的话我可以直接在GaussView里面修改键长吗？
②文献中提到的“polarizability of 2.1 Å3 placed at the oxygen atom”，不过我没有找到在哪里修改这个参数，想请教下老师。还是说不用特意修改，OH-的力场参数数据就可以体现出“polarizability of 2.1 Å3 placed at the oxygen atom“。
恳请社长指点，谢谢您！

sobereva 发表于 2024-12-10 08:29
1 既然计算OH-在溶剂模型下的情况时加了弥散函数，显然气相下计算它时也得加

2 合理

学生明白了，谢谢社长指点！

1 既然计算OH-在溶剂模型下的情况时加了弥散函数，显然气相下计算它时也得加

2 合理

3 原理上影响都不小。看文中更多的说明。如果没说清楚哪个更好，或者说都有较好结果，用哪个都行

4 是