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求助gromacs计算分子间非键相互作用能的结果不符合预期

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本主题由 sobereva 于 2024-12-11 01:18 审核通过

花临_

发布时间: 2024-12-10 08:43

正文摘要:

体系（含有10分子物质A、50分子哌嗪PIP的4900分子水溶液和500分子正己烷HEX有机物）nvt结束后使用-rerun（使用GROMACS计算分子间相互作用|Jerkwin）分别计算A-PIP、A-H2O、A-HEX的非键相互作用能，分别约为-140 kJ/m ...

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花临_ 发表于 Post on 2024-12-15 12:30:06

sobereva 发表于 2024-12-14 02:10
对两类分子总的相互作用能除以分子对数，得到每一对分子间的平均相互作用能，才有意义
计算设置得当的前提 ...

明白了，谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2024-12-14 02:10:09

对两类分子总的相互作用能除以分子对数，得到每一对分子间的平均相互作用能，才有意义
计算设置得当的前提下该多大就是多大。都不说明分子具体特征，单位也不给，体系截图也没有，问具体大小合不合理毫无意义

花临_ 发表于 Post on 2024-12-13 12:42:32

sobereva 发表于 2024-12-11 01:20
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的麻烦老师。我下次注意

sobereva 发表于 Post on 2024-12-11 01:20:02

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “【gromacs计算非键相互作用能】” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理。

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