wal 发表于 2025-8-1 11:01
你需要确保obabel命令在命令行可用。我嫌讲解这个麻烦，就给了一个临时设定环境变量的脚本。如果你想直接 ...

哦哦哦好的好的，谢谢！

njust-lbc 发表于 2025-8-1 10:54
请问直接双击exe文件出现这种提示是怎么回事呢？双击set.bat是可以正常使用的

你需要确保obabel命令在命令行可用。我嫌讲解这个麻烦，就给了一个临时设定环境变量的脚本。如果你想直接exe启动就把openbabel可执行文件的路径放到PATH里

wal 发表于 2025-5-20 22:28
我记得那个inp窗口是专门给md设计的，当时想着就简单跑点东西，就没考虑那么多进阶功能

请问直接双击exe文件出现这种提示是怎么回事呢？双击set.bat是可以正常使用的

Solitude198 发表于 2025-5-20 21:59
话说opt任务在运行时能通过自定义参数实现限制性优化吗，我自定义参数输入

$constrain

我记得那个inp窗口是专门给md设计的，当时想着就简单跑点东西，就没考虑那么多进阶功能

话说opt任务在运行时能通过自定义参数实现限制性优化吗，我自定义参数输入

$constrain
     distance:10, 20, auto   
$end

似乎并不会像md一样自动转化为 inp文件

我按照博主的方法下载了打包版，并且手动安装了OpenBabel-2.4.1和xtb-6.7.1\bin文件夹的绝对路径加进用户变量的path变量里，也弄了这个想用gfn0和设置并行核数之类的还是要按这个帖子里讲的来设置，但是运行时出现了如下的问题，cmd管理端窗口直接闪退了，运行界面一直是下图，应该是运行不了，这是什么原因呢？谢谢博主解答

你好楼主，谢谢分享！不过今天说另外一件事，就是XTB不能运行锰元素，我试了，好像不行 ，
我觉得是个bug。你能否试验一下？谢谢！

wal 发表于 2025-5-7 12:33
结合gview的倒是很简单，我前一段时间写了不少xyz直达gview的小部件，单帧多帧都能行。但TS我目前没怎么 ...

楼主实力很强哈~膜拜
可以结合ML的方法从smiles里面找TS（https://github.com/chimie-paristech-CTM/TS-tools）

PS：
最近生成式AI很火，楼主可以试试TSdiff或者OA-ReactDiff
PSS:
crest能不能搜索TS？

neocc 发表于 2025-5-7 12:21
建议群主加一下sob老师结合gaussview的可视化功能，再带上TS计算。

PS：

结合gview的倒是很简单，我前一段时间写了不少xyz直达gview的小部件，单帧多帧都能行。但TS我目前没怎么用xtb玩过，等我有空了看看
可视化矢量也不难，最近我用3Dmol已经写成了，就是想弄到tkinter里不太容易

还有个方案是利用一下xtb算hessian的时候那个仿g03的输出，给他整理成gview6能直接打开的格式🤔

建议群主加一下sob老师结合gaussview的可视化功能，再带上TS计算。

PS：
https://github.com/npe1011/xtboptts
这个里面用来专门算TS的，也不错，用jmol可视化，缺点是没变法看振动矢量

kyuu 发表于 2025-1-20 04:24
win11使用不能

我自己就是win11的

win11使用不能

SunRuikang 发表于 2025-1-10 20:57
感觉可以考虑使用Ketcher作为分子的GUI输入，已经被Chemicalbook等平台验证过了。另外请教一下，为什么说当 ...

chemdoodle是我写别的东西写了有现成的，就给融进来了，我有空了解一下ketcher
不过chemdoodle也是scifinder在用的，可靠性没必要怀疑
我见识少，近年的文章只见过xtb优化的结构用于生信或者ML训练，正儿八经发理论或者实验文章用xtb的我确实没怎么见所以如果有xtb算了一下就能发的一定是其他地方水平很高的文章，必须瞻仰一下

感觉可以考虑使用Ketcher作为分子的GUI输入，已经被Chemicalbook等平台验证过了。另外请教一下，为什么说当下用xtb发文章是值得惊讶的事情？似乎量子化学的开源力量只有xtb是能打的了