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求助：Tobermorites晶体收敛情况判断

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xjtuglr

发布时间: 2024-12-10 21:31

正文摘要:

本帖最后由 xjtuglr 于 2024-12-11 00:48 编辑各位老师好，我通过CP2K进行Tobermorites的变胞优化，目的是做振动分析，之前提问过初步的问题，传送门http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 43&page=1#pid31830 ...

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KemingZhu 发表于 Post on 2024-12-25 20:21:56

楼主您好，我也是小白，感觉是不是有可能是初始结构的问题，我下载了楼主的补氢过后的结构文件，发现这个结构好像不太对。
根据Merlino的原始文献，楼主选的构型应该是文献中提到的Anomalous tobermorite from Wessels mine。这个构型中，Tobermorite 11的原子总数为88 单胞的水分子数为10，羟基数目为4个，化学式为Ca4Si6O15(OH)2(H2O)5 这些跟楼主的结构文件好像都对不上。
而且，我好像发现晶体结构数据库中tobermorite的cif文件有一些问题，感觉还是根据原始文献从比例坐标出发自己转化一下比较好。不知道是不是这个的问题。

xjtuglr 发表于 Post on 2024-12-12 14:33:58

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-12-11 13:39
t11optpre-1.restart里面GFN1-xTB优化结束的结构和T11OHopt2xu.inp里面开始变胞优化的结构在Wat6氧原子附近 ...

没有别的操作了，我再检查一下

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 Post on 2024-12-11 13:39:14

t11optpre-1.restart里面GFN1-xTB优化结束的结构和T11OHopt2xu.inp里面开始变胞优化的结构在Wat6氧原子附近明显不同且都不太合理，前者还有独立的羟基但氢错误朝向氧正上（下）方的钙，后者把这羟基移到和旁边一个氧原子过近的位置成了过氧键（并且一直保留到变胞优化结束）。此外其他水分子的氢朝向也有所偏差。这中间是否仍有其他操作？

xjtuglr 发表于 Post on 2024-12-11 00:36:01

本帖最后由 xjtuglr 于 2024-12-11 00:47 编辑

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-12-10 22:09
PBE-D3BJ优化轨迹的初始结构还是有氧原子和氧原子成键的异常现象……

补氢和扩胞生成CP2K输入文件之后， ...

有的，我重新编辑了一下，发在了贴子里了，谢谢老师，刚上服务器看了一下结果，最新的结果已经更新了

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 Post on 2024-12-10 22:09:52

PBE-D3BJ优化轨迹的初始结构还是有氧原子和氧原子成键的异常现象……

补氢和扩胞生成CP2K输入文件之后，GFN1-xTB预优化氢原子位置这一步的输入输出文件有无保留？

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