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体系大概一百九十个原子,用B97-3c优化,计算速度慢,该如何提升计算速度?

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发布时间: 2024-12-11 17:08

正文摘要:

orca计算,体系大概一百九十个原子,用的B97-3c机组优化。scf已经五个多小时了,还没有输出第一帧。 体系有六个Zr,其余是碳氢氧。防止骨架坍塌,固定了几个碳原子。 想咨询一下,该如何提升计算速度

回复 Reply

snljty2 发表于 Post on 2024-12-13 10:24:49
zongshu 发表于 2024-12-12 12:42
我用的是win版,显示是112个

也就Windows下MSMPI这种(据说是跟MPICh关系很大)会允许这么运行了。如果你用Linux版Open MPI,设置了超过物理核心数,会直接报错,告诉你实际并没有这么多物理核心数。你看到的是逻辑核心数。
zongshu 发表于 Post on 2024-12-13 10:12:04
lemon_electron 发表于 2024-12-13 09:31
看你固定的合不合理了,如果是为了保持单晶结构的骨架构象一般问题不大,如果强行维持一种不合理的构象, ...

谢谢
lemon_electron 发表于 Post on 2024-12-13 09:31:30
zongshu 发表于 2024-12-13 09:15
我还想在咨询一个问题,使用orca计算我固定了部分原子,防止骨架坍塌,这样会不会影响静电势分布,lumohumo ...

看你固定的合不合理了,如果是为了保持单晶结构的骨架构象一般问题不大,如果强行维持一种不合理的构象,lumo homo会受影响
zongshu 发表于 Post on 2024-12-13 09:15:39
我还想在咨询一个问题,使用orca计算我固定了部分原子,防止骨架坍塌,这样会不会影响静电势分布,lumohumo轨道。
zongshu 发表于 Post on 2024-12-13 09:12:19
反馈一下,请大家使用orca6.0版本以上,我更新完,速度提升了四五倍。
zongshu 发表于 Post on 2024-12-12 15:04:42
abin 发表于 2024-12-12 13:55
几个内存条?

要不你关闭超线程?

内存条我记得是插满了,十几根
snljty2 发表于 Post on 2024-12-12 15:01:36
本帖最后由 snljty2 于 2024-12-12 15:02 编辑
zongshu 发表于 2024-12-12 12:42
我用的是win版,显示是112个

那是逻辑核心,不是物理核心。参考卢老师博文正确认识超线程(HT)技术对计算化学运算的影响。不建议用Windows版。以及考虑上面提到的内存通道数问题。
abin 发表于 Post on 2024-12-12 13:55:36
几个内存条?

要不你关闭超线程?
zongshu 发表于 Post on 2024-12-12 12:42:10
snljty2 发表于 2024-12-12 09:34
8173M双路才56核,你为啥用72进程算呀,那肯定慢啊

我用的是win版,显示是112个
snljty2 发表于 Post on 2024-12-12 09:34:03
8173M双路才56核,你为啥用72进程算呀,那肯定慢啊
zongshu 发表于 Post on 2024-12-12 09:15:04
sobereva 发表于 2024-12-11 21:43
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

并行是安装了的。谢谢老师。具体参数我已经回复了
zongshu 发表于 Post on 2024-12-12 09:10:06
本帖最后由 zongshu 于 2024-12-12 09:13 编辑
abin 发表于 2024-12-11 19:00
先说说你的硬件规格呀……

计算硬件一般,Intel(R) Xeon(R) Platinum 8173M CPU @ 2.00GHz   2.00 GHz  (2 个处理器),内存176 GB

! B97-3c opt noautostart miniprint nopop slowconv SOSCF
%maxcore  3000
%pal nprocs  72 end

这是我的设置
sobereva 发表于 Post on 2024-12-11 21:43:21
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “计算速度慢” 改了,以后务必注意!

B97-3c叫方法不叫基组

搞清楚当前正常并行、安装没有,仔细看
量子化学程序ORCA的安装方法
http://sobereva.com/451http://bbs.keinsci.com/thread-11697-1-1.html


不说计算资源问计算速度毫无意义。倘若就是个笔记本电脑,B97-3c优化190多原子体系开玩笑
wzkchem5 发表于 Post on 2024-12-11 21:38:41
减小基组到double zeta。或者假如你用的是ORCA 5.0的话,更新到ORCA 6.0

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