求助关于在lammps中使用colvars模块计算自由能的问题

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发布时间: 2024-12-12 09:55

各位老师们好！我打算用eABF方法计算流体中两个纳米颗粒之间随着距离的自由能变化，但是得到了奇怪的结果。我在用fix colvars下分别运行了0.5ns、0.75ns和1ns，但到的曲线形状和数值都有很大的出入。形 ...

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fhh2626 发表于 Post on 2024-12-12 10:45:04

总座高见114514 发表于 2024-12-12 10:26
感谢付老师的回答！fullsample我现在的理解是如果最终跑到了PMF收敛，fullsample的设置并没有对最终的PMF ...

是的，设得太小会影响初期的收敛效率

总座高见114514 发表于 Post on 2024-12-12 10:26:33

fhh2626 发表于 2024-12-12 10:07
fullSample是指在每个bin区间内预先采样多少步才开始施加力。因为平均力的波动会比较大，如果这个值他太小 ...

感谢付老师的回答！fullsample我现在的理解是如果最终跑到了PMF收敛，fullsample的设置并没有对最终的PMF产生很大影响，其设置只会对初期的模拟有影响对吗？

fhh2626 发表于 Post on 2024-12-12 10:07:06

fullSample是指在每个bin区间内预先采样多少步才开始施加力。因为平均力的波动会比较大，如果这个值他太小的话模拟初期会有明显的非平衡效应

你这个1ns的结果没什么可看的，起码几十ns以后再讨论自由能计算是否收敛

总座高见114514 发表于 Post on 2024-12-12 09:58:05

还有一个问题是我不太明白fullsample设置有什么作用的，colvars手册中讲的也不是很清楚，希望可以得到解答！

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